Конвертация ГХ/МС данных из NetCDF в CSV формат

Формат NetCDF является бинарным [1]. При открытии файла NetCDF в текстовом редакторе отобразится хаотичный набор знаков. Читаемыми в этом случае останутся только названия размерностей (dimensions), переменных (variables) и атрибутов (attributes).

Чтобы представить файл NetCDF в читаемом виде можно воспользоваться утилитой ncdump [2] или, например, макросом Excel [3]. Однако даже в этом случае извлечь нужную информацию (например, масс-спектр, отвечающий n‑ому скану) вручную будет практически невозможно. Это объясняется тем, что все зарегистрированные значения m/z и их интенсивности представлены, как элементы двух одномерных массивов (mass_values и intensity_values), размер которых, как правило, превышает сотни тысяч элементов.

Чтобы упростить процесс конвертации ГХ/МС данных из NetCDF в CSV формат мы разработали утилиту cdf2csv (представляющую собой небольшую программу консольной строки, написанную на языке C). Утилита использует библиотеки для работы с файлами формата NetCDF, разработанные University Corporation for Atmospheric Research [4]. В качестве разделителя элементов списка используется знак, определенный в разделе «Языки и стандарты» операционной системы Windows

 

Конвертация NetCDF в CSV формат при помощи утилиты cdf2csv:
  1. Поместите файл NetCDF и утилиту cdf2csv в одну папку
  2. Запустите утилиту cdf2csv
  3. После появления сообщения "Enter the file name", введите имя файла (и его расширение), нажмите клавишу Enter
  4. Если файл будет прочитан без ошибки, на экране отобразится информация, извлеченная из файла:
    • scan_number - число сканов
    • point_number - общее число элементов, представленных в массивах mass_values и intensity_values
    • global_mass_min - минимальное значение m/z для всего файла
    • global_mass_max - максимальное значение m/z для всего файла
  5. На экране также отобразится сообщение "Export all data (a) or some segment (s)". Нажмите клавишу 'a', чтобы провести конвертацию всего файла или нажмите клавишу 's', чтобы провести конвертацию небольшого фрагмента (в этом случае нужно будет дополнительно ввести значение начального и конечного скана интересующего фрагмента)
  6. При успешном выполнении конвертации на экране отобразится сообщение "File conversion has been completed"

 

Конвертация NetCDF в CSV формат при помощи ChemStation (Agilent):
  1. Импортируйте файл NetCDF в ChemStation (Agilent). Для этого в меню "File" выберите пункт "Import AIA Raw Data Files"
  2. Экспортируйте ГХ/МС даные в формат CSV. Для этого в меню "Tools" выберите пункт "Export 3D Data"
  3. Задайте начальное и конечное значение m/z, а также начальный и конечный скан, сохраните файл

 

Конвертация NetCDF в CSV формат при помощи ChromaTOF (LECO):
  1. Импортируйте файл NetCDF в ChromaTOF (LECO). Для этого в меню "File" выберите пункт "Import"
  2. Щелкните правой клавишей мыши по хроматограмме. В открывшемся меню выберите пункт "Export"
  3. В открывшемся окне задайте интересующие значения m/z, а также интересующий диапазон времен удерживания, сохраните файл

 

Конвертация NetCDF в CSV формат при помощи OpenChrom:
  1. Запустите программу OpenChrom в режиме "MSD Perspective"
  2. Откройте файл NetCDF в OpenChrom. Для этого в меню "File" выберите пункт "Open Chromatogram (MSD)"
  3. Сохраните ГХ/МС даные в формат CSV. Для этого в меню "File" выберите пункт "Save As", веберите нужный формат и сохраните файл